圍繞細(xì)胞譜系形成和轉(zhuǎn)化在哺乳動(dòng)物全生命周期中經(jīng)歷的復(fù)雜轉(zhuǎn)錄和表觀遺傳改變，中國(guó)科學(xué)院計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)信息中心大數(shù)據(jù)部與中科院動(dòng)物所、北京干細(xì)胞與再生醫(yī)學(xué)研究院、中科院北京基因組所、首都醫(yī)科大學(xué)宣武醫(yī)院國(guó)家老年疾病臨床研究中心等機(jī)構(gòu)合作，建立了組學(xué)、細(xì)胞譜系全景數(shù)據(jù)庫(kù)——Lineage Landscape。相關(guān)成果以“Lineage Landscape: a comprehensive database that records lineage commitment across specie”為題于2022年10月在Nucleic Acids Research雜志發(fā)表。大數(shù)據(jù)部王容昊、黃道然為共同第一作者，周園春研究員為共同通訊作者。

　　該研究建立的譜系全景數(shù)據(jù)庫(kù)——Lineage Landscape從轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組等不同層面的數(shù)據(jù)集，捕捉了人類和經(jīng)典模式生物等10余個(gè)物種從胚胎、胎兒、成人到老年階段細(xì)胞譜系的變化，實(shí)現(xiàn)了不同條件下基因表達(dá)改變的匯聚融合。

　　大數(shù)據(jù)部研究團(tuán)隊(duì)面向大規(guī)模多組學(xué)知識(shí)庫(kù)構(gòu)建需求，研發(fā)了組學(xué)知識(shí)庫(kù)構(gòu)建框架，實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞譜系不同層次、不同時(shí)期的多維組學(xué)數(shù)據(jù)的多源持續(xù)匯聚和整合，以及千萬級(jí)以上基因條目信息的定制化查詢和高效分析，支持用戶便捷地訪問并查詢興趣基因在不同物種、不同發(fā)育階段的變化，為相關(guān)研究領(lǐng)域提供寶貴的資源。

　　該研究得到了中科院先導(dǎo)專項(xiàng)、中科院網(wǎng)信專項(xiàng)等項(xiàng)目的資助。

　　論文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkac951。數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接：http://data.iscr.ac.cn/lineage/#/home。

圖1《Nucleic Acids Research》在線論文

圖2 Lineage Landscape數(shù)據(jù)庫(kù)