近日,我中心高性能計(jì)算部的科研人員基于前期研究基礎(chǔ),提出了一種基于深度學(xué)習(xí)的多尺度病理圖像MSI預(yù)測方法:MSIscope。該方法以Transformer架構(gòu)為基礎(chǔ),針對病理圖像的多尺度特性和MSI的特定病理特征,設(shè)計(jì)了感興趣區(qū)域選擇、多尺度視野擴(kuò)展和多分辨率特征融合等模塊,高效定位并提取關(guān)鍵區(qū)域特征,融合跨區(qū)域、跨尺度的上下文信息,克服了現(xiàn)有方法的局限性。實(shí)驗(yàn)表明,所提出的方法在泛癌數(shù)據(jù)集上表現(xiàn)優(yōu)異,超過了現(xiàn)有的同類方法(AUROC達(dá)到了0.911)。此外,模型在低腫瘤純度的病理切片中也展現(xiàn)出卓越的魯棒性。MSIscope的提出能夠?yàn)?/span>MSI狀態(tài)的判斷提供新的視角,是MSIsensor等NGS-MSI 檢測算法體系的有效補(bǔ)充。
該研究成果已被生物信息學(xué)領(lǐng)域的重要國際會(huì)議——IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (BIBM,CCF B) 錄用。高性能計(jì)算部在讀博士生胡泰源、欒海晶為論文的共同第一作者,牛北方研究員和李瑞琳博士為論文的共同通訊作者。該研究得到了國家自然科學(xué)基金重大研究計(jì)劃、中國科學(xué)院先導(dǎo)專項(xiàng)(B類)以及中國科學(xué)院計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)信息中心基礎(chǔ)研究基金青年項(xiàng)目的聯(lián)合資助。

MSIscope架構(gòu)圖
責(zé)任編輯:郎楊琴